GoodNotes bietet eine sehr hilfreiche und sinnvolle Funktion: Das benutzerdefinierte Anpassen der Werkzeugleiste. Hiermit können sowohl nicht benötigte Werkzeuge (z. B. Bleistift, Lineal, Laser, Sticker...) aus der Werkzeugleiste entfernt werden, als auch die Reihenfolge der Werkzeuge geändert oder die Position der gesamten Werkzeugleiste an den unteren Rand des Bildschirms verschoben werden. Auch eine Änderung der Position der "Vor/Zurück"-Buttons (rechts/links) ist möglich.

Das Anpassen der Werkzeugleiste ist aus einem aufgerufenen Dokument heraus möglich: 3 Punkte oben rechts -> Dokumentbearbeitung -> Werkzeugleiste anpassen (bzw. weitere Optionen darunter).