Seit dem Upgrade auf GoodNotes 6 (Februar 2024) bietet GoodNotes eine sehr hilfreiche und sinnvolle neue Funktion: Das benutzerdefinierte Anpassen der Werkzeugleiste. Hiermit können sowohl nicht benötigte Werkzeuge (z. B. Lineal, Laser, Sticker...) aus der Werkzeugleiste entfernen, als auch die Reihenfolge der Werkzeuge geändert oder die Position der gesamten Werkzeugleiste an den unteren Rand des Bildschirms verschoben werden. Auch eine Änderung der Position der "Vor/Zurück"-Buttons ist möglich.

Das Anpassen der Werkzeugleiste ist aus einem aufgerufenen Dokument möglich: 3 Punkte oben rechts -> Dokumentbearbeitung -> Werkzeugleiste anpassen (bzw. weitere Optionen darunter).